Las cinco líneas de investigación en las que trabaja el Instituto INAECU son:
- Cultura y política del conocimiento público
- Evaluación y cienciometría
- Política y gestión de la universidad
- Innovación, transferencia y emprendimiento
- Métodos y técnicas de investigación avanzada
La actividad de estas cinco líneas de investigación se integra a través de la elaboración de indicadores adecuados y la aplicación de modelos matemáticos sobre la realidad. Esto permite realizar un análisis del impacto socio-económico y social de temas transversales: