En el año 2009 la Alianza 4 Universidades (A4U) (integrada por las Universidades Autónoma de Barcelona, Autónoma de Madrid, Carlos III de Madrid, y Pompeu Fabra) decidió impulsar la creación de una base de datos objetiva con indicadores sobre aspectos importantes de la actividad científica de las universidades españolas, con el fin de poder evaluar la calidad de la actividad científica de estas universidades. El resultado fue la puesta en marcha del Observatorio de la Actividad Investigadora de las Universidades Españolas (IUNE).

Miembros del equipo investigador que desarrolló el proyecto, de las Universidades Carlos III y Autónoma de Madrid, detectó la necesidad y la posibilidad de extender la colaboración al campo más amplio de la política y gestión de la ciencia y de las universidades.

Para ello, se planteó la creación de un Instituto Interuniversitario, INAECU, que permitiera combinar las capacidades complementarias de distintos grupos de investigación para realizar actividades de investigación, docencia y transferencia sobre el papel de la investigación científica y de las universidades en la sociedad del conocimiento.